Grazie per questo suggerimento, s.google mi ha portato qui e credo di aver risolto, quanto meno dopo un w32tm /resync /nowait non ho registrato alcun errore nel visualizzatore eventi.

Se puoi aggiungi i due punti alla seconda stringa:
w32tm /config /syncfromflags:MANUAL /reliable:YES /update
almeno su w2k3r2 sembrano richiesti dopo syncfromflags.
Confesso che al primo tentaivo ho copiato bovinamente senza nemmeno leggere la sintassi del comando